Почему из 12 апостолов, только Иоанн умер естественной смертью? Куда Бог глядел?

А он кого любит, того наказывает. Насмерть, например. Иоанна, видимо, не любил.

Иоанн вообще не умер, Бог приготовил Иоанну особую миссию, он снова должен появится на земле и подготовить людей к встрече с Христом

Мы не знаем как умерли апостолы, и были ли они вообще

Смерть апостолов это часть христианской традиции (читай: христиане просто верили что было именно так)

Что значит, куда Бог глядел. Апостолы умерли за веру, и в этом было великое духовное благо, так как они подтвердили то, что были свидетелями воскресшего Христа. Благодаря их смерти за веру, многие люди поверили, что Иисус Христос воскрес. А Иоанну, умершему от старости в ссылке было вряд ли более комфортно умирать.

Христианский бог балдеет от страдальцев.

В этом и состоял замысел, вам непонятный.

Ему некогда было, его самого распяли по версии христиан

Как знать, в преданиях порой желаемое за действительное выдают

У каждому предначертан свой конец. И нет в этом ничего удивительного. Кстати Иоанн ушёл на небо вместе с телом.

"Иисус сказал им: не знаете, чего просите. Можете ли пить чашу, которую Я пью, и креститься крещением, которым Я крещусь?
Они отвечали: можем. Иисус же сказал им: чашу, которую Я пью, будете пить, и крещением, которым Я крещусь, будете креститься…"
( от Марка 10:38,39)
"Сам отошел от них на вержение камня, и, преклонив колени, молился,
говоря: Отче! о, если бы Ты благоволил пронести чашу сию мимо Меня! впрочем, не Моя воля, но Твоя да будет."
(Св. Евангелие от Луки 22:41,42)

а осадочек остался

это был Его сценарий.

Иисус пророчествовал об этом: "
и будете ненавидимы всеми за имя Мое; претерпевший же до конца спасется" Матфея 10 глава, 22 стих.

Он смотрел видосы Навального