Нетривиальная задача с установкой Linux рядом с Windows.

Если Вы никогда не устанавливали самостоятельно ОС, все равно какую, лучше без наставника не беритесь.
Если маломальский опыт есть, то наличие 2х HDD дело упрощает, в этом случае, HDD на который Вы собираетесь поставить Linux, нужно сделать главным (в биосе или с помощью перемычек если система старая), в этом случае, загрузчик Linux установится на тот самый HDD, на котором Linux и будет стоять а Windows пропищется в загрузчик Linux и при этом ни как не затронет HDD с Windows и в случае мало ли чего, HDD с линукс можно просто безболезненно извлечь и это ни как не повлияет на Windows, она будет загружаться как и раньше, но для этого запомните, HDD с линукс нужно сделать основным, чтобы на него установился загрузчик. Если Вы ошибетесь и загрузчик поставите на диск с Windows, Вы его оттуда уже ни как не уберете, без переустановки Win. Процесс установки Linux напоминает процесс установки Windows, но в отличие от последнего, не будет ни каких диск C: диск D:, Носители тоже именуются в алфавитном порядке но начинается с a, т. е. первый жесткий диск будет hda, второй hdb, третий hdc и т. д (или sda, sdb для SSD). Разделы на дисках просто нумеруются, если на первом диске 2 раздела, Вы увидите их как hda1, hda2, если на втором диске 3 раздела, Вы увидите их как hdb1, hdb2, hdb3. При разметке диска, если оперативной памяти меньше чем 3-4гб создайте раздел подкачки в объеме в 2 раза больше чем оперативная память, под системный раздел выделить гигабайт 15-25, задайте форматировать в ext4, точка монтирования / (/ означает корневой раздел), затем создайте раздел во всем оставшемся месте, задайте форматировать в ext4, точка монтирования /home, после этого все ваши данные будут на отдельном от системы разделе. Сперва с установкой потренируйтесь в виртуальной машине VirtualBox, так Вы ни чего не сломаете и разберетесь с нюансами..

"из-под" одной ОС устанавливать другую (ЛЮБУЮ! даже винду из-под винды, не говоря уже о разных ОС!) нельзя!

Устанавливать Пингвина из-под Винды? О_о
Ты в своем уме?
Ты вообще устанавливать-то умеешь?

Любая программа, которая умеет записывать образы установочных дисков... NeroBurningROM например...

Установка ЛЮБОГО софта (в т. ч. и ОС) - это, в конечном счёте, копирование нужных файлов в нужном виде и в нужные места. И это всегда происходит под управлением какой-то ОС. Если мы устанавливаем ОС на комп, это действие тоже происходит под управлением ОС, которая загружается с внешнего носителя (типо CD/DVD/USB/... нужное вписать). Так удобнее, поэтому все другие варианты установки ОС - менее популярны. Но возможны, например, как-то так: https://habrahabr.ru/post/67270/ Что касаемо WUBI - плохая идея ставить Линух на NTFS.