уволить ген. директора по какой статье, если он является только один учредителем? Что надо записать в труд. книжке.

Учередитель учередителем- это наемного работника, в вашем случае- ген. директора- не касается. Увольняйте по той статье- по какой есть основание для увольнения- перевод, собственное желание, и т. д.
Увольнение по соглашению сторон
(по п. 1 части первой ст. 77 ТК РФ)
соглашение сторон о расторжении трудового договора (ст. 78 ТК РФ) ,
• приказ об увольнении, с которым работник ознакомлен под роспись (при отказе работника подписать приказ или в случае невозможности довести приказ до сведения работника на приказе производится соответствующая запись согласно ст. 84.1 ТК РФ)

Увольнение в связи с истечением срока трудового договора
(по п. 2 части первой ст. 77 ТК РФ) уведомление работника о расторжении трудового договора в связи с истечением срока его действия (ст. 79 ТК РФ) ,
• приказ об увольнении, с которым работник ознакомлен под роспись (при отказе работника подписать приказ или в случае невозможности довести приказ до сведения работника на приказе производится соответствующая запись согласно ст. 84.1 ТК РФ)

Увольнение
по собственному желанию

(по п. 3 части первой ст. 77 ТК РФ)
заявление об увольнении (ст. 80 ТК РФ) ,
• приказ об увольнении, с которым работник ознакомлен под роспись (при отказе работника подписать приказ или в случае невозможности довести приказ до сведения работника на приказе производится соответствующая запись согласно ст. 84.1 ТК РФ)

Увольнение в связи с сокращением численности или штата
(по п. 2 части первой ст. 81 ТК РФ) приказ о сокращении численности и/или штата,
• утвержденное приказом новое штатное расписание,
• письменное уведомление, сделанное за 2 месяца до увольнения работнику, о планируемом сокращении численности или штата (или письменное согласие работника на увольнение без предупреждения за 2 месяца) ,
• сличительная таблица (о преимущественном праве на оставление на работе при сокращении) ,
• письменное предложение имеющихся у работодателя вакансий работнику (под роспись) ,
• заявление работника об отказе работника от предложенных вакансий,
• документы, подтверждающие принятие определенных законом мер при угрозе массовых увольнений,
• документы, подтверждающие участие выборного органа первичной профсоюзной организации при рассмотрении вопросов, связанных с расторжением трудовых договоров в связи с сокращением численности и штата (ст. 82 ТК РФ) ,
• приказ об увольнении, с которым работник ознакомлен под роспись (при отказе работника подписать приказ или в случае невозможности довести приказ до сведения работника на приказе производится соответствующая запись согласно ст. 84.1 ТК РФ)

Если, как вы написали, он является учредителем, то он является и собственником. Получается он сам себя должен уволить? Как-то странно. Может стоит подробнее описать ситуацию ?

Для увольнения генерального необходимо решение учредителя. Вот пор Решению и увольняйте, тем более нужно в налоговую нести сообщение по определенной форме.