Подключение двух батарей к ИБП...

По идее все должно работать правильно даже при разной емкости батарей. Главное, чтобы совпадала их химическая формула. Степень заряда определяется по напряжению, а в некоторых устройствах посложнее - с участием термодатчика. В любом случае, все должно работать нормально, хотя и не оптимально по эффективности. Зарядный ток подается в расчете на старую емкость батареи, а у Вас емкость возрастет, поэтому зарядка будет проходить медленнее - но это только на пользу в смысле срока службы аккумуляторов.

При параллельном соединении нужно быть осторожным, т. к. "незнакомые" друг с другом батареи наверняка окажутся с разном состоянии и начнут обмениваться очень сильными токами ( даже сильнее, чем КЗ) . Это может вызвать их перегрев и умирание. Чтобы избежать этого, для "первого знакомства" батарей их нужно соединить через хоть какое-то сопротивление, например, лампочку. Она не боится перегревов, и не допустит слишком сильного тока. Тем временем ты можешь контролировать ток между батареями с помощью тестера и наблюдать, как он постепенно ослабевает. Когда состояние батарей сровняется, предохранительное сопротивление можно убрать, и с этого момента уже никогда не разъединять батареи. Тогда все различия между ними будут компенсироваться прямо по мере появления, и это не породит сильных токов.

Параллельно никогда! нельзя соединять батареи, ток из одной потечёт в другую и она накроется.

нельзя и не пробуй. .
как никак вся схема рассчитана на зарядку определенного аккамулятора!