почему после соединения протона и нейтрона в системе .масса системы уменьшается???

Считается надёжно установленным, что нейтрон является связанным состоянием трёх кварков: одного «верхнего» (u) и двух «нижних» (d) кварков (кварковая структура udd). Близость значений масс протона и нейтрона обусловлена свойством приближённой изотопической инвариантности: в протоне (кварковая структура uud) один d-кварк заменяется на u-кварк, но поскольку массы этих кварков очень близки, такая замена слабо сказывается на массе составной частицы.
Поскольку нейтрон тяжелее протона (на 1,29333217(42) МэВ, или 0,00138844919(45) а. е. м.), то он может распадаться в свободном состоянии. Единственным каналом распада, разрешённым законом сохранения энергии и законами сохранения электрического заряда, барионного и лептонного квантовых чисел, является бета-распад нейтрона на протон, электрон и электронное антинейтрино (а также, возможно, гамма-квант [16]). Поскольку этот распад идёт с образованием лептонов и изменением аромата кварков, то он обязан происходить только за счёт слабого взаимодействия. Однако, ввиду специфических свойств слабого взаимодействия, скорость этой реакции аномально мала из-за крайне малого энерговыделения (разности масс начальных и конечных частиц).
...
...
Вот это - неизмеримо малая величина знаний, которые требуются, чтобы понять суть происходящего процесса... Понять, а не просто знать

Эх ма, куда вас, батенька, занесло-то... В википедию залез, аж, что-то голова закружилась...

Во многих случаях, как всем известно, масса и энергия — одно и то же. Здесь в массу записывается и энергия связи и ионизации. В двух отдельных атомах и в атоме, состоящим из двух, эти энергии, соответственно, не равны.