Если струя воды от водомета будет находится над водой а не под водой, лучше будет толкать катер?

Маловероятно :)))

Начинать нужно с понимания, что никакого "отталкивания от среды" нет. Струя воды, это же не палка.... Движение, исключительно за счёт реактивной тяги.

Если сверху поставить, то струя воды, вместе с рыбой и прочими речными деликатесами будет очень далеко лететь, радуя при этом тех, кто рядом проплывает. Особенно весело будет при развороте недалеко от берега...

Там много факторов, и сильно зависит даже от обводов катера. Иногда лучше под водой, иногда на уровне разделения и даже чуть повыше. Именно поэтому водомёт устанавливают поворотным.

Будет, только с меньшей эффективностью. И катер уже нельзя будет разогнать до прежней скорости.

Я в таких вопросах не разбираюсь от слова "совсем". Но рассуждаю так...
При надводной струе при данных скоростях отталкивание от воздуха несущественно. В этом деле надёжа тока на реактивную составляющую. Но тады моща /скорость и масса струи/ должны быть обалдеть какими! Вспомните все эти летучие фигульки над водой со шлангами...
А при подводной струе можно рассчитывать на эффект! темпаче, что этот вариант обкатан во всём мире...

Если взять любую технику с водометным движителем, то у нее водомет погружен в воду. Не припоминаю что-то БТР с фонтаном за кормой...

Зависит от скорости струи. Больших скоростей Вы в ряд ли сумеете добиться. Так что лучше под водой. Но как можно ближе к поверхности.

Под водой лучше, тк отталкивается не от воздуха, а от более плотной среды

Над водой лучше, потому что меньше сопротивление истечению и больше напор будет. Ну а почему так обычно не делают - подумайте сами.

Катер над под водно утонул...

Для прояснения по теме рекомендую выполнить несложный опыт доступными средствами: наполняете ванну на глубину больше диаметра имеющейся у вас душевой лейки, подвешиваете рукой душевой шланг лейнкой вниз над водой и включаете воду направляя струю горизонтально - замеряете/фиксируете угол отклонения шланга затем погружаете лейку в воду и снова замеряете/фиксируете угол отклонения шланга. Делаете выводы.