Стыковые рейсы в шенгенской зоне.

Если разные авиакомпании, то регистрироваться на каждый рейс нужно отдельно, единственное исключение может быть, если компании входят в один альянс. Не совсем понятно, как вы с 1 пересадкой хотите полететь Swiss + Lufthansa. Swiss летает в Швейцарию из Москвы, а оттуда Lufthansa только в Германию, т. е. тогда 2 пересадки получаются. Если это так, то внутри зоны Шенгена это будет считаться внутренним рейсом и нужна виза. Если вы просто так это сказали, то надо смотреть конкретный аэропорт. Если и рейс из Москвы и рейс в Бразилию в одном терминале, то виза не нужна, если между рейсами до 24 часов.

если сразу отправите багаж до конечного пункта то все обойдется с багажом. чаще всего особо не придираются что компании разные, сразу же в первом пункте можете пройти регистрацию на пересадочный рейс, если не получится ввиду большого промежутка времени например между рейсами то по прилету будете следовать по транзитному коридору без прохождения паспортного контроля к стойке регистрации. летаю пересадочными часто через шенген- без проблем. тринзитная виза вам не нужна если вы не собираетесь выходить из порта в город, а надобности в этом нет-везде есть транзитные коридоры

Это головная боль авиакомпании. Пересадку будете делать в аэропорту, где есть зона транзита, потому что получить Шенгенскую визу крайне сложно. Умные люди уже давно не летают через страны Шенгена из-за геморроя с визами.
Например, у нас в Казахстане все летают через Стамбул, потому что с Турцией безвизовый режим, и из Стамбула есть все рейсы, в том числе в Бразилию. Кстати, у России тоже безвизовый режим с Турцией.

Если вы не покидаете транзитную зону аэропорта-то вы можете лететь без шенгена. Но не во всех аэропортах есть транзитные зоны (у подавляющего большинства) . Надо уточнять у авиакомпаний. Если у вас билет до Бразилии, то и багаж зарегистрируют до конечной точки (сами его перегрузят в другой самолёт) . Не важно одна авиакомпания или две-главное нужен один билет до конечной точки.