Хорошие отели, которых нет на booking.com.

хорошие: в каком сегменте?
Можно посмотреть на сайте того города, той местности где нужен отель, но на их языке. Часто отели через мэрии какую-то часть номеров сдают. Я так в Чехии отель резервировала.
Если дешевые апртаменты, то тут еще проще - их там такая куча, что глаза разбегаются. И при мэриях есть специалъные отделы, которые помогают туристам найти жилье - при условии, что они обращаются на языке страны, ну может еще на английском, ну и вообще знают, как это называется и номер телефона. Личный опыт по Германии.
И если дешевые, то в путеводителях. В Германии и Франции так находила прекрасные дешевые отельчики в центре города - это когда пешком по тропе Святого Якоба шли.
Дополнение ответа после дополнения вопроса: особенно во Франции можно хорошие отельчики по путеводителям находить. В Nancy на двоих в 100 метрах от Place Stanislas за 35€, но без завтрака. Было очень прилично и главное место - самый центр и на мой взгляд очень не дорого

Кроме букинга есть и другие агрегпторы - икспедия, венере, да хоть островок.
Где-то да будет.

Да много таких, кто не хочет делится 15% с посредником. Если отель расположен в козЫрном месте и уверен в себе, то в букинге и прочих островках вы его не найдете. Уточню, в букинге он будет, но в "продажу" выставит или королевские номера или низкий сезон.

Пример - треть (!) хостелов, кемпингов и отелей на норвежских фьордах.

удивительно, но сейчас хостелы это нормальное европейское явление, вот кстати я в одном из них ночевала http://77hostel.ru

Не встречала таких, всегда по букингу ищу