Обязана ли организация ООО платить за простой??

ДА

Статья 157. Оплата времени простоя

Время простоя (статья 72.2 настоящего Кодекса) по вине работодателя оплачивается в размере не менее двух третей средней заработной платы работника.
Время простоя по причинам, не зависящим от работодателя и работника, оплачивается в размере не менее двух третей тарифной ставки, оклада (должностного оклада) , рассчитанных пропорционально времени простоя.
Время простоя по вине работника не оплачивается.

Как правильно оформить простой? Прежде всего должен быть оформлен акт о расследовании причин простоя и листки учета простоев каждого работника. Для подписания акта о простое необходимо создать комиссию. В акте должны быть указаны время начала и окончания простоя, причины простоя, перечислены виновные в простое, если они установлены.
Листок учета простоев отражает факт простоя в отдельном подразделении в течение одной смены. В листке простоев рекомендуется указать Ф. И. О. , должность каждого простаивающего работника, время начала и окончания простоя, величину тарифной ставки и сумму выплаты за простой. На основании акта и листков учета простоев оформляется приказ руководителя, в котором необходимо указать:
время начала и (если возможно) время окончания простоя;
список лиц, которые будут осуществлять контрольные и административные функции (в том числе ведение табеля учета рабочего времени) во время простоя;
обязанность присутствовать или разрешение отсутствовать на рабочих местах;
порядок оплаты времени простоя;
лицо, ответственное за выполнение приказа.
Работники должны быть ознакомлены с приказом под роспись.
Работодатель в период простоя вправе перевести работника на другую работу без согласия работника на срок, не превышающий одного месяца, сохранив ему оплату труда не ниже, чем в размере среднего заработка. При этом необходимо выполнение следующих условий: работа должна быть соответствующей квалификации, простой вызван чрезвычайными обстоятельствами. В иных случаях требуется письменное согласие работника (ст. 72.2 ТК РФ) .

смотря какая у вас система оплаты за работу