имеет ли право начальник охраны высчитать из зарплаты охранника стоимость имущества украденого на его смене?

Только если охранник подписывал материальную ответственность.

МАТЕРИАЛЬНО ОТВЕТСТВЕННОЕ ЛИЦО -работник, который в соответствии с нормативными актами и договором несет полную материальную ответственность за ущерб, возникший в результате необеспечения сохранности имущества и иных ценностей, переданных ему для хранения или др. целей.
Согласно ст. 1211 КЗоТ* письменные договоры о полной материальной ответственности могут быть заключены работодателем с работниками, достигшими 18-летнего возраста, занимающими должности или выполняющими работы, непосредственно связанные с хранением, обработкой, продажей (отпуском) , перевозкой или применением в процессе производства переданных им ценностей. Перечень таких должностей и работ, а также типовой договор о полной индивидуальной материальной ответственности утверждаются в порядке, определяемом законодательством.

Ему что - передают материальные ценности для на хранение?

Может, но только при условии наличия договора о материальной ответственности охранника с фирмой. В вопросе не указана принадлежность охраны.

конечно, а иначе в чём смысл работы такого охранника? Он отвечает за сохранность имущества в свою смену.

На вскидку конечно не помню, но по моему охранник не относится к списку материально ответственных лиц с которыми может быть заключён договор о полной мат. ответственности.
Отсюда возникает ситуация, что если он добровольно не согласится с компенсацией ущерба (написав заявление) , то работодатель не вправе ни чего удерживать. Без согласия вопрос решается через суд, да и он если нет виновных действий охранника способствовавших краже вряд ли вынесет решение в пользу работодателя.

да, если есть все акты и в трудовом договоре прописан этот пункт