Почему когда нужно наказать начальника, то верхнее руководство всегда наказывает его подчиненного (-ных)?

Иерархия, начальник же не сам косячил это сделал подчиненный его дрючат, начальник максимум дал неправильный приказ или где то "недоконтролировал"

Начальник полезен, и в него много сил и денег вбухано. А подчинённых вон сколько на улице, любого бери.

А кто решает, что именно начальника надо наказать? Вы?

Вы знаете, играет момент личного общения. Со средним звеном высокое руководство общается, а вот с синенькими воротничками не очень. Обычный момент, наподобие готовности обсудить между звеньями, не высказывая слов и недовольства в глаза друг другу претензии, проще сделать третьего виноватым. Как правило ситуация имеет место быть в коллективах, где никто ни в чем не уверен по части развития. Вот только распорядиться такими важными регалиями как выговор, не каждому то и удастся воспользоваться. Для этого нужны немалые доказанные, в том числе заверенные комиссией доказательства, во-первых, а, во-вторых, общественная мода на советское достояние в виде осуждения человека давно прошла. Мне палец в рот не клади, а если там какое-то начальство хоть пожурить вздумает, то не дай бог не по делу всё было бы сказано, разнесу под облик и имидж идеального человека, управляющего, хозяина, хозяйственника, не понимая принципиально каких-то поводов юзать философию добра, дружбы, жвачки. Это вообще как мне кажется сама форма неполного исполнения личных обязанностей, по формулировке вашего вопроса. Есть масса способов внедрить в управление моменты, рычаги и паттерны. А вот такие чисто на словах сказанные решения в отношении дисциплины имеют место быть там, где о них никто не заботится. Ничто так не имеет места, ценности, как правильная, оформленная культура. Манеры. Манеры хорошего тона, приятные по ненавязчивости и эффективные по результату. А ведь я говорю словами очень серьёзного распорядка. Где есть распорядок, там понимают распоряжение, где есть характер у руководителя, там характеристики и рекомендации. Всему своё место как говорится. Ну а если о простом, межличностном, то масса вещей имеется, на которые нет времени, средств, идей, и от напряжения человек заводится, начинает говорить словами аргументы, самые эффективные, на случай цели: короткий разговор. А не как я выше, развёл копирайтинг:)
P.S.: главное не падать духом, и после своих ошибок, тогда когда их осознал, принять меры для того, чтобы каждый кто хорошо работает ощущал себя на высоте, а кто где-то в чём-то неправ сделал выводы и стремился улучшить свои результаты.