А вы брали два больничных листка? Если да, то должны и оплатить по двум.
в случае если работник работает на условиях внешнего совместительства, такому работнику необходимо одновременно выдавать несколько листков нетрудоспособности для предъявления по каждому месту работы.
(Письмо Минздравсоцразвития РФ от 11.01.2007 N 80-ВС)
В случае, если застрахованное лицо на момент наступления страхового случая занято у нескольких страхователей и в двух предшествующих календарных годах было занято у тех же страхователей, пособия по временной нетрудоспособности, по беременности и родам назначаются и выплачиваются ему страхователями по всем местам работы (службы, иной деятельности) , а ежемесячное пособие по уходу за ребенком - страхователем по одному месту работы (службы, иной деятельности) по выбору застрахованного лица и исчисляются исходя из среднего заработка, определяемого в соответствии со статьей 14 настоящего Федерального закона, за время работы (службы, иной деятельности) у страхователя, назначающего и выплачивающего пособие.
ФЗ от 29 декабря 2006 №255 (п. 2 ст. 13)