Это зависит от того, в какую из стран Шенгена Вы собираетесь. Например, польское консульство (а точнее, визовый центр) , без особых проблем выдал мне визу в Киеве при днепропетровской прописке. Только потребовали справку с работы о том, что я работаю именно в киевской компании.
А вот с чешским консульством такое не прошло. Несмотря на то, что мне нужно было в Чехию в командировку и была справка от киевской компании и еще и письмо-приглашение от чешской компании, в Киеве принять у меня документы отказались. Только в Донецке. (Днепропетровская область входит в регион, который обслуживает чешское консульство в Донецке) .
Но если покупать тур, то проблем не возникает. Любое киевское турагентство без проблем Вас отправит в тур в страны Шенгена.
В общем - нужно узнавать в конкретном консульстве. У всех на сайтах есть телефон горячей линии, там можно все спросить.