Откуда в налоговые органы поступает информация о совершенной сделке купли-продажи недвижимости и о цене сделке

оттуда, где вы регистрировали имущество

регпалата официально "сливает" налоговикам информацию о сделках (предоставляет отчеты или доступ к базе данных)

от Росреестра.

От Росреестра поступают сведения о переходе права собственности, о новом собственнике и о том, на основании какого договора это произошло.
Сведения о цене сделки поступят от продавца, когда он принесет в налоговую декларацию и договор купли-продажи (в нем и написано-за сколько продал)
Если квартира была в собственности более трех лет, продавец не обязан приходить в налоговую и предоставлять декларацию.
Если меньше-то обязан отчитаться в любом случае, даже если налог платить не должен.
В договоре купли-продажи можно указать не реальную рыночную стоимость, а 1 млн руб-тогда от налога можно отбодаться.