по какому договору он работает? если это договор подряда (оказания услуг) , то ни чего вы не имеете права вычетать и ни каких прогулов тут быть не может. и вообще, заказчик не имеет права устанавливать подрядчику график работы. подрядчик сам решает когда и что ему делать, главное, чтобы работа была в срок выполнена. если работа сделана качественно, акт выполненных работ сторонами подписан, то и сумма должена быть выплачена та, что в договоре указана. а если договор трудовой, то зарплату платят за фактически отработанное время, а за прогул вообще можно уволить.