А откудо инфа что из за спама сайт хуже индексируется? ведь по логике не известно кто кидает ссылки.

Индексируется он так же, просто если поисковая система "видит" в сайте много мусорных ссылок, это может плохо сказаться на выдаче. Я лично установил что бы все ссылки в комментариях, профилях и др. автоматом помещались в тег nofollow. В качестве защиты от спама, установил keykaptcha.