При увольнении будет проводится учет, в случае недостачи имеет ли работодатель право высчитать ее, зп официальная?

Имеет, но всегда и не все.
Во-первых, сам факт недостачи должен быть установлен документально и вина работника в ней должна быть подтверждена. Что это означает на практике? Это значит, что:
- инвентаризация должна быть проведена до увольнения работника;
- работник должен присутствовать при инвентаризации лично;
- инвентаризация должна быть правильно оформлена (создана комиссия, составлен акт, подписан всеми и т. п.) ;
- комиссией должна быть истребована объяснительная с работника по факту недостачи (или подтверждено, что от дачи пояснений работник отказался) ;
- комиссией должны быть рассмотрены материалы инвентаризация и объяснительная и установлена вина работника в недостаче (все это, естественно, оформлено) .
Нарушение любого пункта - и инвентаризацию можно признавать недействительной.
Во-вторых, должен быть установлен размер ущерба и получено согласие работника на его возмещение.

Итак:
Если недостача не превышает среднемесячного заработка, то ее можно удерживать по распоряжению работодателя. Причем при любой ответственности: и ограниченной, и полной. При этом распоряжение должно быть издано в течение месяца после установления размера ущерба.
Однако работодатель при этом должен соблюсти положения статьи 138 Трудового кодекса - удержание не может превышать 20 % положенной к выплате суммы.
Таким образом, если недостача не превышает среднемесячного заработка и при этом не больше 20 % от суммы расчетных при увольнении - работодатель может удержать ее всю. Если же нет, имеет право удержать только 20 % - остальное только в судебном порядке.

Если размер ущерба больше среднемесячного заработка и работник не согласен возмещать его добровольно, то удерживать что-либо из расчета при увольнении работодатель не имеет права. Вообще. Нисколько.
Расчетные должны выдать на руки в полном объеме, а сумму недостачи взыскивать только в суде.

Задерживать выдачу расчетных и трудовой книжки по причине наличия недостачи работодатель не имеет права.