дом на земельном участке в разрушенном состоянии, 1890 года. Как снять его с учёта, если два собственника?

По соглашению обоих собственников. Написать АКТ о непригодности, заверить нотариусом и в рег. палату.
*** для чего снимать с учета? Потом придется заново брать разрешение на строительство, это сложнее.
Можно провести реконструкцию и ремонт по договорённости.