У банка отозвана лицензия.На р/с были средства,их пока не вернули.Как отразить в 1С. Оставить сальдо на 51 счете?

Ну по хорошему нужно на 76 наверное кинуть как дебиторку банка перед вами, по факту же денег нет, есть долг банка перед вами и распоряжаться этими деньгами вы не можете ...
Ну если есть какие нибудь документы обосновывающие эту операцию, ну или бух. справку писать. Потом либо вернут, сделаете обратную проводку.
Либо списывать будите как невостребованную дебиторку, но документы должны быть ибо это самый легкий способ стырить ;))) деньги ...и проверяться если чё будет в первую очередь такая операция.