В процессе варки борща лучше мясо (напр на кости) вынимать? или до конца все варить вместе?

Надо сварить бульон, мясо вынуть, суп заправить. Кстати, могут быть мелкие кости, их тоже надо выудить шумовкой.
А что делать с мясом - другой вопрос. Даже если добавлять его к супу, то лучше - отдельно в тарелки, расчистив и нарезав.

я всегда в любом супе мясо на кости вынимаю, суп довариваю без мяса. Зачем его переваривать?

Я тоже минут за 10 до окончания варки - отделываю мясо от косточек и кладу обратно чистое мясо, даю вскипнуть 2 минутки и выключаю

Я варю мясо не до готовности. Отнимаю время приготовления овощей.
Варю мясо вместе с овощами.
Оно тогда перенимает вкус овощей.
Считаю, что так вкуснее.
Приятного аппетита!

я в конце кость от мяса перебираю.

конечно все вместе варить а то вкус пропадет