Во время подачи апелляционной жалобы имеет ли право экзаменационная комиссия снизить бал???

Занизить, т. е. поставить оценку ниже, нежели того работа заслуживает, нет, а вот объективно оценить и прийти к выводу, что ваша работа достойна не более высокой, а более низкой оценки - вполне. Но доказать, что в вашем случае это было первое, а не второе, вы вряд ли сможете.