если суд признал меня не виновным в совершении мелкого хищения, буду ли я числиться в базе мвд?

Будеш проходить по учётам, т. к. на тебя возбуждалось УД.
Судимости нет.

нет.. . не будешь.. .
но твои данные будут храниться в отделе полиции... .

я так пониманию весь вопрос - в наличии сведений в справке о судимости?.. .

- там будет чисто....

будет информация что привлекался к уголовной ответственности . указана статья по какой привлекался а так же запись что дело прекращено по реабилитирующим основаниям. Но вопрос сто у вас по мелкому хищению, то есть об административной ответственности, только суд не рассматривает такого рода протоколы если вы только в последствие не обжаловали решение по протоколу в суд. В аминистративке информации никакой не будет так как протокол прекращен, а в базе только решения заносятся