паспорт заканчивается 5 ноября, могу ли я поехать на о. крит 3 июля?

Это надо узнать в турагенстве. В некоторые страны не пускают, если до срока истечения действия паспорта осталось меньше полугода.

Крит - греческий остров, а потому действует общее для стран Шенгенской зоны правило: паспорт должен быть действителен не менее 3 месяцев с момента предполагаемого ВЫЕЗДА с территории Шенгенской зоны. Т. е. покинуть страну Вы должны не позднее 5 августа, думаю, Вы не на два месяца едете, а недели на две-три? Если так, то всё нормально.

Для получения визы в Грецию-паспорт со «сроком годности» не менее 3 месяцев после окончания предполагаемой поездки. Также желательно предоставить копию старого загранпаспорта, если в нем имелись шенгенские визы;