Сестра хочет подарить квартиру брату, выгодно ли или проще продать?

Читай закон, при приобретении возможны вычеты из подоходного налога

Оформление одинаково 1000 р. в Росреестре - можете из инета распечатать 3 экз. договора дарения или купли-продажи. Налогов по любому не платить.
Но при покупке брат может получить налоговый вычет до 260 тысяч.

Делайте то, что делается на самом деле.

Заключайте такую сделку. кот. на самом деле.
Если возмездная, т.е. брат вам деньги передает, то договор купли-продажи.
Если безвозмездно в собственность барата передаете квартиру. то закл. дог. дарения.
Если дог. дарения, то 13% НДФЛ с дохода от дарения брат платить не будет, потмоу что вы с ним близкие родственники.
Если дог. купли-продажи. то вы продолжите получать возмещение НДФЛ с покупки, если вы это имели в виду. когда писали "подоходный налог полностью не выплачен". НЛФЛ с продажи платить не будете, раз в собственности квартира у вас более трех лет, но брат не получит возмещение НДФЛ при покупке. потому что вы с ним близкие родственники- взаимозависимые лица.
Расходы по сделкам- за регистр. перехода права госпошлина 1 тыс. руб.
Ну и расходы на юриста. кот. составит договор. если сами не можете сотавить и оформить в простой письм. форме договор, скачав образец из инета с включением персонал. данных сторон и описанием объекта недвижимости.
Для брата имеет значение также состоит он в браке или нет, в этом контексте обратить внимание на ответ ЛИСа.
Да и для вас тоже, если вы приобретали в браке эту квартиру, то вам нужно согласие супруга на сделку.

расходы- 1000 рублей с одараяемого или с покупателя и собственно- на составление договора. (можно и в инете скачать) . Налогов с продажи или дарения нет. Так что лучше если дарите-оформляйте дарение, а если продаете- куплю- продажу.... хотя- если он в браке, то лучше подарите ему.... а то жена потом поделит не дай бог...