можно ли выписать отца из квартиры, если он давно в ней не живет и не платит квартплату?

если он собственник то нет

Из муниципальной очень сложно, но можно. Собирайте бумажные доказательства, что не проживает, не платит.

Нет такого юридич. значимого действия "выписать из квартиры".
Снять с регистр. учета по месту жительства может управление ФМС на основании заявления граждан или реш. суда.
Так что сам отец может подать заявление о снятии с рег. учета.
Или вы можете признать его утратившим право пользования и снятии с регучета - обратившись в суд.
Основание разное в зависимости от того, квартира муниципальная или в собственности у вас.
Обратитесь к юристу с доками на квартиру на очную консультацию.

Если он собственник, то ни как. А так через суд...

Кто собственник?