какая должность выше: главный специалист отдела развития предприятия или начальник производственного участка?

ну они параллельны немного. да и функции разные. Одинаково где то. Это как нач склада и нач магазина в одной конторе, у каждого свои функции

Зависит от структуры организации, которая указывается в ШР. Ну а прямая подчинённость обычно указывается в ТД.