можно ли сделать так, чтобы отец не жил в однокомнатной с совершеннолетней дочерью, если у него есть еще одна квартира?

пусть выезжает. . квартиру оставит дочери.

Кто собственник квартиры? Если собственник - отец, то никто ему там жить не запретит, разве только он сам захочет переехать. Если собственник дочь - можно. Если собственник третье лицо - то как он решит, так и будет.

если за 20 лет не смогли выписать отца, то теперь после того как он вернулся в квартиру выгнать его не получится

Самостоятельности захотелось

если живет с тобой, значить уверен за тобой нужен контроль. это его право.

нет, не получится, если квартира муниципальная то отец не согласится выписаться из нее так как потеряет всякие на нее права. Он скорее всего хочет и от этой квартиры получить долю поэтому и пришел жить после 20 лет. Раньше надо было, когда он не жил, ни за что не платил пытаться выписать