что это значит, если в расчетном листке пишется сумма например одна - перечислено в банк то-то, а к выдаче меньше, зарпл

Начислено - в учетом налогов. К выдаче - без налога (13%). Спросите у бухгалтера, он все объяснит

Возможно вычитается стоимость банковских услуг...

Так Вы наверное и аванс получаете?