Как учитывается мнение профсоюзов если их несколько в организации

Никак, или того, который объединяет более 50% работников.

Смотря в чём учитываються если в принятии локального нормативно правового акта или затрагивает права граждан, то по письменному уведомлению первичной профсоюзной организации... .
Какую силу имею профсоюзы и учитываеться их мнение или нет написано в ФЗ "О профессиональных союзах, их правах и гарантиях деятельности"
Что косаеться вашего вопроса то: наличие иных представительных органов работников в организации не может использоваться для воспрепятствования деятельности профсоюзов в соответствии с настоящим Федеральным законом. Участие профсоюзных представителей в работе иных представительных органов работников в организации не лишает их права непосредственно обращаться к работодателям по вопросам, затрагивающим интересы членов профсоюза.