если у продавца большая недостача в течении какого времени он имеет право выплатить?

Как хозяин или суд решит.

Пока не выплатит, при условии, что из з/п удерживать будут 50 %.

Главное не спешить выплачивать по своему желанию. Пусть следствие докажет, что она (недостача) получилась по Вашей вине. Так и скажите: "Платить буду, но по решению суда". А там, глядишь и выяснится, что директор магазина не обеспечил сохранность товара. К примеру, видеокамеры не поставил и т. д.