Я думаю, что Вам оплатят только компенсацию за неиспользованный отпуск, а дорогу нет, поскольку фактически Вы ей не воспользовались. Надо полагать Вы сдали копии билетов, но Вы можете поехать, а можете и нет. Вы пишите, что отпуск в июле, а билеты сдаете до 13-го мая - это КАК?
В госструктурах это происходит так:
1. Для компенсации на приобретение билетов Вы пишите заявление (рапорт) , прикладываете сами билеты и отпускное удостоверение (с отметками: "Прибыл" "Убыл" которое подтверждает, что Вы действительно пользовались правом проезда) . пункты назначения должны совпадать в билетах и в отпускном. Это будет оплата по факту.
2. Если Вы хотите получить деньги на приобретение билетов, то опять пишите заявление, в кассе вокзала (аэропорта) берете справку о стоимости билетов с указанием пунктов назначения и несете в бухгалтерию, а по возвращению из отпуска сдаете билеты и отпускное.
Насчет компенсации при увольнении Вы правы - это разные выплаты, но скажите как Вы собираетесь подтверждать, что действительно воспользовались правом "бесплатного" проезда?