По договору подряда не может быть дней за свой счет.... Точнее Вы когда хотите тогда и работаете.. . хоть через день.. . хоть ночью... самое главное выполнить работу в срок.. .
У Вас, как я понимаю, трудовой договор прикрыт договором подряда... .
В судебном порядке признавайте его трудовым со всеми вытекающими.... отпуска/больничные
По договору подряда одна сторона (подрядчик) обязуется выполнить по заданию другой стороны (заказчика) определенную работу и сдать ее результат заказчику, а заказчик обязуется принять результат работы и оплатить его. Ст. 702 ГК РФ.
Таким образом вы работаете как хотите и когда хотите оплата будет производиться только за результат обусловленный договором подряда. По своей правовой природе договор подряда вид гражданско-правовой сделки который не относятся к трудовым договорам. Поэтому и рассчитывать на трудовые льготы заключив такой договор с работникам Вы можете только по решению суда.