Да, это вполне законно.
****************************************************************************************************************
4. В случае невозможности вынесения медицинского заключения о годности гражданина к военной службе по состоянию здоровья в ходе медицинского освидетельствования гражданин направляется на амбулаторное или стационарное медицинское обследование в медицинскую организацию.
http://www.consultant.ru/document/cons_doc_LAW_149000/
© КонсультантПлюс, 1992-2014
****************************************************************************************************************
В твоем случае врач видимо посчитал, что в личном деле уже достаточно медицинских документов для принятия решения по категории годности и нет никакой необходимости вновь направлять его на дополнительное обследование.