Может проще оформить договор аренды на транспорт. Какой тогда будет процесс учёта затрат на ГСМ, поэтапно? А то запуталась

Как следует из положений ст. 188 ТК РФ, размер компенсации определяется сторонами трудового договора самостоятельно и фиксируется в письменном виде. А документальным основанием для осуществления выплаты данной компенсации является приказ работодателя.
Таким образом, стороны вправе установить любой размер компенсации, но для целей налогообложения прибыли расходы на выплату компенсации будут учитываться только в пределах норм, устанавливаемых Правительством РФ, в составе прочих расходов, связанных с производством и (или) реализацией (подп. 11 п. 1 ст. 264 НК РФ) .
Такие нормы в настоящее время установлены постановлением Правительства РФ от 08.02.02 N 92 "Об установлении норм расходов организаций на выплату компенсации за использование для служебных поездок личных легковых автомобилей и мотоциклов, в пределах которых при определении налоговой базы по налогу на прибыль организаций такие расходы относятся к прочим расходам, связанным с производством и реализацией":
- легковые автомобили с рабочим объемом двигателя до 2000 куб. см включительно - 1200 руб. в месяц, а свыше 2000 куб. см - 1500 руб. в месяц;
- мотоциклы - 600 руб. в месяц.
Эти нормы используются также и при применении упрощенной системы налогообложения (при выборе объекта налогообложения "доходы - расходы") для определения расходов на выплату компенсации за использование для служебных поездок личных легковых автомобилей и мотоциклов.
Если сумма компенсации, установленная соглашением сторон, превышает приведенные нормы, то в части превышения ее необходимо будет относить к расходам, не уменьшающим прибыль для целей налогообложения.
Суммы компенсаций сверх норм, необходимо включить в облагаемый доход по НДФЛ.

Договор аренды без экипажа, прописываете в договлре все обслуживание авто за счет арендатора и все затраты списываете за счет налогооблагаемой прибыли ( ГСМ, з/части, стоянка, страхование, арендная плата... ) А с арендной платы только НДФЛ

Тогда вы платите установленную сумму за аренду авто и его абслуживание. вроде так