Договор аренды транспортного средства, как правильно все оформить?

Есть аренда без экипажа и с экипажем
1)))))))
1. НДС при перечислении арендной платы по договору аренды транспортного средства без экипажа
При получении счета-фактуры от арендодателя у арендатора возникает право на вычет "входного" НДС с арендной платы за соответствующий период (пп. 1 п. 2 ст. 171, п. 1 ст. 172 НК РФ) . При этом у арендатора должен быть также первичный документ, подтверждающий приобретение услуг (пп. 1 п. 2 ст. 171, п. 1 ст. 172 НК РФ) . По мнению Минфина России, им может быть акт приемки-передачи арендованного имущества (Письмо от 04.04.2007 N 03-07-15/47).
2. Налог на прибыль при перечислении арендной платы по договору аренды транспортного средства без экипажа
При применении метода начисления сумма арендных платежей включается в состав прочих расходов, связанных с производством и реализацией (пп. 10 п. 1 ст. 264 НК РФ) . В целях налогообложения арендная плата признается расходом на последнее число отчетного (налогового) периода (пп. 3 п. 7 ст. 272 НК РФ) .
3. НДФЛ при перечислении арендной платы по договору аренды транспортного средства без экипажа
Организация, которая арендует у физического лица (в том числе у своего работника) транспортное средство и выплачивает ему арендную плату, признается налоговым агентом по НДФЛ (п. п. 1, 2 ст. 226 НК РФ) . Поэтому при фактической выплате этой суммы арендодателю или по его поручению третьим лицам она должна удерживать НДФЛ (пп. 1 п. 1 ст. 223, п. 4 ст. 226 НК РФ) .
4. Бухучет при перечислении арендной платы по договору аренды транспортного средства без экипажа
Затраты на аренду имущества являются расходами по обычным видам деятельности и признаются на последнее число истекшего месяца аренды (п. п. 5, 16, 18 ПБУ 10/99) при условии, что арендованный автомобиль используется в процессе производства и (или) реализации продукции, товаров, работ, услуг.
2)))))
Все тоже самое
Все пункты те же только в 3 пункт можно добавить
Важно! Если стороной договора аренды транспортного средства является физическое лицо (не предприниматель) , которое оказывает арендатору также услуги по управлению автомобилем, то с вознаграждения за эти услуги организация обязана исчислить и уплатить ЕСН (в базу по ЕСН в части, зачисляемой в ФСС РФ, эти выплаты не включаются (п. 3 ст. 238 НК РФ) ) и пенсионные взносы (п. 1 ст. 236 НК РФ, п. 2 ст. 10 Федерального закона от 15.12.2001 N 167-ФЗ) . Кроме того, со всей суммы, выплачиваемой физическому лицу по данному договору, нужно удержать НДФЛ (п. п. 1, 2 ст. 226 НК РФ).

http://www.xserver.ru/dogovor/64/
если арендуете авто у своего сотрудника, то ежемесячно выплачиваете ему компенсацию в размере 1200 или 1500 (в зависимости от л. с) , путевые листы нужно заполнять обязательно. если у стороннего физ. лица, то с суммы аренды вы должны заплатить за него НДФЛ 13%.
если у организации, то просто платите аренду.

аренда транспортного средства - с экипажем или без?

Какие налоги хотите платить? Какие расходы у себя списывать? От этого зависит.