если физ. лицо продает фирме товар, фирма может оплатить только безналом ...

Правильно оформите первичку, проблем не будет. Оформите с физическим лицом договор, в договоре обязательно пропишите удержание НДФЛ, при выплате удержите. Если физ. лицо не согласно в вашей позицией по удержанию НДФЛ, выплатите всю сумму, и сразу подайте уведомление в налоговую инспекцию о невозможности удержания налога. Разработанная форма существует, и вас не будет никаких проблем.

У фирмы вообще не будет проблем, проблемы будут у физ. лица, если оно (лицо) не подаст дакларацию № 3-НДФЛ и не заплатит 13% с суммы перечисленной фирмой

У фирмы проблем не будет, если она удержит с выплат налог на доходы. Иначе он должен доказать что является ИП. А вот у физического лица могут проблемы. Если будет доказан факт, что он продавал свои старые вещи, а занималься предпренимательской деятельностью, перепродавая товар купленный для дальнейшей реализации, без регистрации в качестве субъекта предпринимательства.

Сколько раз перечисляли за товары на счет в банке физ лицу, - ни у кого никаких проблем не было. За продукты, правда, продавец предъявляет справку, что у него есть земля.

Вот с услуг - да, все отчисления: НДФЛ, в пенсионный и проч фонды перечисляет организация. А физ лицу - только сумма договора минус НДФЛ (13%). И в отчетах организации эти лица фигурируют, поэтому им не надо самим подавать декларацию.