При проведении инвентаризации выявлена недостача товара.

При обнаружении факта причинения ущерба работодатель должен произвести следующие действия:
- подтвердить факт причинения ущерба документально (например, актом инвентаризации при недостаче материальных ценностей, оформленным инвентаризационной комиссией, сличительными ведомостями) . Отсутствие документа по факту причинения ущерба и определения его размера делает вину материально ответственного работника недоказанной и лишает работодателя возможности возложить на него материальную ответственность за этот ущерб;
1) выяснить, имели ли место противоправность поведения работника и его вина в причинении ущерба, нет ли обстоятельств, исключающих материальную ответственность в данном случае, был ли умысел и другое;
2) определить размер причиненного ущерба, который устанавливается исходя из рыночных цен, действующих в данной местности на день причинения ущерба, но не ниже балансовой стоимости имущества с учетом его износа (ст. 246 ТК РФ) . Возникает вопрос: что выступает в качестве рыночной цены? Цена, по которой товар закупается предприятием, или цена, по которой он реализуется? То есть цена покупки или цена продажи (с учетом торговой наценки) ?
Обратимся к ст. 238 ТК РФ, где говорится о том, что неполученный доход (упущенная выгода) не подлежит взысканию с работника. Торговая наценка, по сути, представляет собой неполученный доход. Таким образом, рыночная цена в контексте ст. 246 ТК РФ - это закупочная цена товара.
3) издать приказ о взыскании с материально ответственного лица суммы ущерба. Причем он должен быть издан не позднее чем через месяц с момента окончательного установления работодателем размера причиненного ему ущерба (ст. 248 ТК РФ) . Материально ответственное лицо, из заработной платы которого будет производиться удержание, должно быть ознакомлено с этим документом под роспись.

Если работодатель добровольно, учитывая конкретные обстоятельства (степень и форму вины, материальное и семейное положение работника, незначительный размер причиненного ущерба, размер заработной платы и пр.) , полностью или частично отказался от взыскания ущерба с виновного работника на основании ст. 240 ТК РФ. Как следует из Писем Минфина России от 09.04.2007 N 03-03-06/2/66, от 24.07.2007 N 03-03-06/1/519, расходы на покрытие ущерба, которые организация имела возможность взыскать с виновного лица, но не сделала этого, не могут признаваться экономически обоснованными. Следовательно, такие расходы не признаются в целях налогообложения (п. 49 ст. 270, п. 1 ст. 252 НК РФ) .

отписали по рознице-списывайте по рознице
3)есть-заплатить за недосточу самому предпринемателю. следующую недостачу опять повесить на него-раз работников жалко-пусть ещё воруют... зная что за это расплачиваться им не придётся

при отсутствии виновных лиц списываете на счет 94 "недостачи и потери от порчи ценностей"

по закупочной цене

списать....

1) Списание должно происходить по закупочной стоимости, т. к. недостача в фиасовом выражении - это либо себестоимость (если ресь идет о производимой продукции) , либо закупосная стоимость материалов и товаров. Упущенная выгода предприятия от того, что не продали то, чего не достает - совсем другая история. Ведь не факт, что вообще бы это продали, а если продали бы - по какой точно цене?
2) Сличительые ведомости должны быть обязательно. Они входят в комплект документов, на основании которых с материально ответственных лиц по итогам инвентаризации собираются объясительные и выносится решение (приказ) : кто виноват и что делать. Если их нет - рисуйте!
3) Не ходите удерживать недостачу с персонала? Вариант - чистая прибыль предприятия. Относите сумму недостачи на 91.2. Только учитываться эти расходы для уменьшения базы по налогу на прибыль будут только в размере сумм естественной убыли, остальные суммы не принимаемые для целей налогообложения.