У работника был отпуск с 12.09по9.10,в течении его он болел с14.09 по30.09 как мне начислить ему больничный?

Рассчитываете ему б-л как положено. Берете з-плату за 2 предыдущих года, т. е. 2011 и 2010 и делите на 730 .Узнаете средне-дневной и затем умножаете на кол-во дней б-л. и на процент стажа, если он меньше 8 лет.
-Что касается отпуска, то отпускные вы не удерживаете, просто работник пишет заявление в отдел кадров, чтобы ему продлили отпуск в связи с болезнью. И все. Он отгуливает эти дни. А отпускные он уже получил за них.
-Светлана Угарова вам дезинформировала, сейячас б-л не начисляется из з-платы за 12 месяцев, это только распрстраняется на декретниц и то по заявлению таковых.

так и начислить, как по закону положено. больничный в обычном порядке считаете, отпускные за эти дни минусуются, затем, если работнику отпуск продлен с 10.10 (о чем у вас должен быть приказ) , начисляете ему вновь отпускные. расчетный период по отпускным уже будет другой, с октября 2011 по сентябрь 2012. и выплачиваете работнику то, что получилось.
а больничный (к сведению предыдущего отвечающего) с 01.01.2011 г. считаем по среднему заработку за 2 года, предшествующих году наступления страхового случая. т. е. в расчет берем зарплату за 2010 и 2011 г.

Также как всегда, из расчета 12 месяцев предшествующих наступлению страхового случая (больничного) , а отпуск ему продлите в октябре на дни больничного, начисление отпуска в сентябре сминусуете, а в октябре начислите, при этом оплачивать отпуск (выдавать отпускные) уже не нужно, т. к. вы ему уже выдали отпускные в сентябре.