Можно сделать так что бы не потраченные командировочные списали с зарплаты

А что сразу не вернули неизрасходованные деньги в кассу? Создали проблемы и себе, и организации. Вот что по этому сказано в законодательстве:

Если в период командировки работник (подотчетное лицо) выданные ему денежные средства (аванс) израсходовал не полностью, а остаток в кассу не вернул, то работодатель вправе произвести удержание из заработной платы работника суммы долга. При этом соблюдаются следующие правила:
решение об удержании из заработной платы работника принимается работодателем не позднее одного месяца со дня окончания срока, установленного для возвращения аванса (денежный сумм, выданных под отчет) (ст. 137 ТК РФ); работник не оспаривает оснований и размеров удержания (ст. 137 ТК РФ); размер удержаний при каждой выплате заработной платы не может превышать 20 процентов (ст. 138 ТК РФ) . Этот пункт вас не касается, так как вы увольняетесь и можно удержать всю сумму сразу.
В письме Роструда от 09.08.2007 № 3044-6-0 даны следующие разъяснения.

Решения работодателя оформляются, как правило, в форме приказа или распоряжения в произвольной форме. При этом работник должен дать согласие на удержание сумм из заработной платы в письменной форме.

Так что пишите согласие или верните деньги сами.

А что за деньги? Суточные у вас в каком размере? Если речь о них, то работник не обязан их возвращать. Если это именно аванс на расходы в командировке, тогда работодатель прав.