Закрывающие документы были сделаны, оплаты по ним не было.

ну и терминология у вас... "закрывающие"... а "открывающие" это какие?))) а если по теме, то НДС считают по выписанным счетам-фактурам. по оплате считают только если покупатель вам предоплату загнал. таким образом правильно удалить документы, выписанные в 4 квартале и сдать корректирующую налоговую декларацию ))) тогда и акт сверки будет правильным)))

Согласен с Ольгой

НДС начисляется по счетам-фактурам, а счета-фактуры создаются на основании реализации (оказание услуг, отгрузка товаров).

На основании выписки НДС может быть начислен с аванса полученного (в смысле если была предоплата) - но тут НДС тоже по счету-фактуре - в смысле при получении предоплаты надо создать счет-фактуру на аванс - и по нему начислится НДС к уплате в бюджет.

Надо работать в парадигме "отгрузка - оплата", а не в парадигме "закрытие счета".

Счет в 1С имеет 2 значения:
1) документ к оплате
2) субконто к счетам расчетов - в смысле расчеты ведутся по этому счету. Это субконто типа "Договоры"
(еще есть счета бухгалтерского учета, но щас не об этом)
То есть ты создаешь документ "Счет № 35 от 15.12.2015" и создаешь субконто "Счет № 35 от 15.12.2015" - и отгрузку и оплату проводишь вот по этому субконто "Счет № 35 от 15.12.2015". Если ты будешь делать по разным субконто - может получиться так, что вы друг другу будете должны - он тебе должен заплатить за то, что ты ему отгрузила, а ты ему должна будешь отгрузить за то. что он тебе заплатил - поэтому надо чтобы отгрузки-оплату проводили по соответствующим субконто. Документ счет "Счет № 35 от 15.12.2015" должен соответствовать субконто "Счет № 35 от 15.12.2015".

У меня 1С 7.7, у меня нет привязки к документу типа "счет". Он вообще проводок не порождает и не к чему не обязывает. В Торговой программе счет выступает в качестве заказа покупателя -там привязка есть.

Из вопроса неясно что у вас там конкретно произошло, поэтому прихдится фантазировать.

Вы новый счет выписали вместо старого или в дополнение к нему?

В 1С проводить документы реализации надо только тогда, когда произошла отгрузка и они (документы) подписаны покупателем. А не тогда, когда вы просто выставили счёт на оплату. Теперь вам надо удалить те документы, которые не были подписаны и оплачены, и сдать уточняющие декларации по НДС и прибыли за прошлый год. И почему вас волнует, чтобы эти документы не "фигурировали в акте сверки", а то, что вы завысили налог на прибыль и НДС, не волнует?