БЛ по БиР поздно предоставили ((( Как быть подскажите?

Уточненку сделать можно, но ФСС, как правило это не очень любит, так что уточняйте у своего специалиста, уточненку делать или текущим периодом проводить, потому как уточнять придется не только 4-ФСС, но еще отчеты в ПФР. Только надо сначала с "девочки" документы запросить. Машина ничего делать "автоматически" не должна и не может, она просто "выдает" результат работы специалиста. Все отпуска, в т. ч. отпуск по БиР и отпуск по уходу за ребенком, предоставляются на основании заявления работника, соответствующего приказа и при наличии установленного законом пакета документов. Если "машина" у вас считает автоматически, а документов нет (не хватает хотя бы одной "бумажки"), то ФСС вам в возмещении таких расходов откажет, так что считайте что платите либо из кармана работодателя, либо из кармана работника допустившего такую выплату.
Обратиться за назначением пособия работник имеет право в течение 6 месяцев после окончания больничного, т. е. если отпуск по БиР 140 к. д. у нее дыл до 31 марта, при это ребенок родился раньше срока, значит у неё еще плюс 16 к. д. отпуска по Бир за осложненные роды, получается, что за выплатой поосбия по БиР она имеет право обратиться до середины сентября и вы обязаны ей это пособие назначить и выплатить.
Будете делать перерасчет и доначислять пособие по БиР, не забудьте взять с "девочки" письменное согласие на зачет уже полученного поосбия по уходу в счет пособия по БиР, которое будете доначислять, потому как ФСС при проверке к каждой букве цепляется.