Как объяснить контрагенту зачем мы делаем наценку на товары?

Для вас в этом споре единственный официальный документ - договор и смета к нему на выполнение ремонтных работ. Все зависит как в договоре написано. Если до договору вы выполняете работы, и закупаете необходимые для этого материалы, а заказчик компенсирует их стоимость, то вы действительно не можете их перепродавать с наценкой. Если же в смету включены и материалы и работа по расценкам, заказчик не может контролировать стоимость материалов.

А вы адекватные вообще? Кто там у вас рот раззявил и сообщил им, что вы делаете какие-то наценки и в каких количествах?
Вы же понимаете, что вы сами себе на голову нагадили?
Выход единственный - не нравится, ищите поставщиков сами.

Налоговая, если увидит продажу без наценки, может сделать продажную цену по прибыли и разницу забубенит в прибыль, выставит штрафы.... Короче, курите главу в НК РФ по прибыли.
Коммерческая организация не имеет права осуществляет свою деятельность без осуществления прибыли.
Пипец, это такие наглые требования, что ваш бух скорее всего обалдел и не сразу сообразил.

Ну не делайте наценку, добавьте еще несколько статей расходов на ту же сумму.

Да ни на какие, если вы делаете ремонт, значит у вас есть смета и договор, вот на них и ссылайтесь.

скажи ему как есть: учредители создали вашу контору чтобы деньги зарабатывать, а не благотворительностью заниматься. поэтому их святой долг поддерживать на плаву вашу контору, чтобы вы не остались без работы. поэтому пусть не верещат по поводу наценки, за это вы им можете в церкви благодарственную молитву заказать и свечку поставить за здравие.

По сути, вашим клиентам должно быть неизвестно что вы им и с какой наценкой впориваете. Значит, у вас есть "крыса", которую необходимо найти и вывести немедленно. Да и вообще... Что вам мешает убрать таких клиентов из оборота?