Если я не знаю где человек но предполагаю что уже умер.Через какую инстанцию можно зафиксировать факт смерти?(выписку)

идете в суд с заявлением о признании человека умершим (в суд может идти его жена, мать, дочь, или представитель) , берете с собой свидетелей и документы (какие есть) в доказательство, если решение суда в вашу пользу, то далее ступайте в загс.
суд по-любому будет делать запросы во все стороны, там выяснятся какие либо обстоятельства

Пока суд не признает человека умершим ни в какой инстанции выписку вам не дадут. Если указанный срок (5 лет) прошел, обращайтесь в суд. Вам надо узнать адрес прописки, если по этому адресу он не появлялся более 5 лет, и нет сведений о его местонахождении, то пусть его супруга подает в суд, на признание её мужа умершим.

Ст 45. ГК РФ. Объявление гражданина умершим
1. Гражданин может быть объявлен судом умершим, если в месте его жительства нет сведений о месте его пребывания в течение пяти лет, а если он пропал без вести при обстоятельствах, угрожавших смертью или дающих основание предполагать его гибель от определенного несчастного случая, - в течение шести месяцев.
2. Военнослужащий или иной гражданин, пропавший без вести в связи с военными действиями, может быть объявлен судом умершим не ранее чем по истечении двух лет со дня окончания военных действий.
3. Днем смерти гражданина, объявленного умершим, считается день вступления в законную силу решения суда об объявлении его умершим. В случае объявления умершим гражданина, пропавшего без вести при обстоятельствах, угрожавших смертью или дающих основание предполагать его гибель от определенного несчастного случая, суд может признать днем смерти этого гражданина день его предполагаемой гибели.

В загсе.

Вряд ли в загсе дадут свидетельство о смерти просто так, на основе предположений. Думаю, что обязательно нужно врачебное заключение о смерти или еще что-то. А скорее всего, это большая проблема, если невозможно доказать, что человека больше нет.