Покупатель акций несвоевременно оплатил продавцу их стоимость...

Да, продавец прав. Согласно ГК РФ статья 359. Основания удержания
1. Кредитор, у которого находится вещь, подлежащая передаче должнику либо лицу, указанному должником, вправе в случае неисполнения должником в срок обязательства по оплате этой вещи или возмещению кредитору связанных с нею издержек и других убытков удерживать ее до тех пор, пока соответствующее обязательство не будет исполнено.
Удержанием вещи могут обеспечиваться также требования хотя и не связанные с оплатой вещи или возмещением издержек на нее и других убытков, но возникшие из обязательства, стороны которого действуют как предприниматели.
2. Кредитор может удерживать находящуюся у него вещь, несмотря на то, что после того, как эта вещь поступила во владение кредитора, права на нее приобретены третьим лицом.
3. Правила настоящей статьи применяются, если договором не предусмотрено иное.

359 ГК РФ - Здесь же и неустойка и другие издержки - там так всё и написано в абз. 2 части первой. Практики такой не знаю, но думаю, что продавец действует правомерно, даже если стороны и не являются предпринимателями.

Постановление Президиума ВАС РФ
от 10 октября 2006 г. N 7226/06

Фабула дела, явившегося предметом рассмотрения Президиумом ВАС РФ, такова:
покупатель просрочил оплату акций, в связи с этим у него возникла обязанность по уплате договорной неустойки, в обеспечение этой обязанности продавец отказался передавать покупателю оплаченные ценные бумаги. Первая и кассационная инстанции сочли действия продавца правомерными, ссылаясь на нормы ГК РФ об удержании.
В Постановлении содержится правовая позиция, согласно которой предметом удержания в соответствии с п. 1 ст. 359 ГК РФ может быть только вещь, принадлежащая на каком-либо праве должнику, т. е. чужая для кредитора вещь.
Тем самым Президиум ВАС РФ подтвердил ранее высказанную позицию о том, что положения ст. ст. 359 и 360 ГК РФ регламентируют удержание кредитором имущества, принадлежащего должнику (Постановление от 12 октября 1999 г. N 3094/99). Между тем в ранее принятом Постановлении указанная позиция не являлась основным предметом рассмотрения, в связи с чем развернутое толкование ст. 359 ГК РФ в рассматриваемом Постановлении имеет значение для практики.
Ст. 29 о рынке ценных бумаг.
Право на именную бездокументарную ценную бумагу переходит к приобретателю:
в случае учета прав на ценные бумаги у лица, осуществляющего депозитарную деятельность, - с момента внесения приходной записи по счету депо приобретателя;
в случае учета прав на ценные бумаги в системе ведения реестра - с момента внесения приходной записи по лицевому счету приобретателя.
права, закрепленные эмиссионной ценной бумагой, переходят к их приобретателю с момента перехода прав на эту ценную бумагу. Переход прав, закрепленных именной эмиссионной ценной бумагой, должен сопровождаться уведомлением держателя реестра, или депозитария, или номинального держателя ценных бумаг.

P.S. вопрос и вправду интересный. Дума, что переход права покупателю уже состоялся, акции принадлежат уже ему, а значит продавец удерживает принадлежащую покупателю вещь (документы) (ст. 128 ГК РФ) .