Что можно сделать, если "спец-кровельщик" прибивая коньки на новую шиферную крышу, расколол гвоздями края шифера.

Для начала необходимо твердо усвоить, что отверстия в шифере не пробиваются а сверляться. Это только халтурщики пробивают шифер гвоздями и при этом совершенно искренне удивляются, когда их заставляют отверстия в шифере сверлить. При этом самый веский их аргумент звучит примерно так " Я первый раз слышу, что надо сверлить, всегда и везде пробивали". После этого я как правило предлагаю им покинуть место работы и никогда больше не попадаться мне на глаза.
Что касается трещин, то продольные трещины в гребне волны не очень страшны, хотя и не добавляют спокойствия.
Я такие трещины замазываю любым герметиком силиконом, битумным или любым другим, причем и снаружи листа и с внутренней стороны (по возможности) На несколько лет хвататет. Главное, что бы шифер не болтался, иначе ветром может со всеменем разбить и расшатать.

В продаже есть специальная краска "по шиферу" с резиновым наполнителем. Промажте такой краской расколотые листы, на трещины (сразу по свежей краске) наложите полоски стеклоткани и потом ещё раз прокрасьте краской по шиферу. /Кстати, срок службы шифера 20-25 лет (по паспортам изготовителя) , потом он покрывается лишаём и начинает протекать/. Если Вы покрасите всю крышу такой краской, то, во-первых, увеличите срок службы самой крыши, во-вторых, крыша будет меньше "шуметь" во время дождя, в третьих, ..

Где то я видел рецепт цемент, асбест всё это разводят в растворе грунтовки для стен и потом в пасмурную погоду промытую водой мокрую трещину промазывают. Автор утверждал что хватает лет на 8-10. (шифер давно крепят саморезами с резиновыми прокладочными шайбами)