Берется ли налог с доплаты при обмене квартиры?

Если квартира находилась в собственности налогоплательщика более трех лет, то доходы от обмена этой квартиры не подлежат налогообложению НДФЛ.
Кроме того, налогоплательщик также имеет право на получение имущественного налогового вычета при приобретении квартиры, в том числе по договору мены, в соответствии с положениями пп. 2 п. 1 ст. 220 НК при условии, что ранее имущественным налоговым вычетом, предусмотренным данным подпунктом, не пользовался.
При приобретении жилья по договору мены, сумма расходов по приобретению жилья определяется в соответствии с положениями ст. 568 ГК РФ исходя из стоимости переданного по данному договору имущества в оплату стоимости приобретаемого жилья, а также расходов по передаче (принятию имущества) и оплаты разницы в ценах, в случае если обмениваемое имущество признается неравноценным.

Если квартира находилась в собственности налогоплательщика менее трех лет:
В соответствии с пп. 1 п. 1 ст. 220 НК налогоплательщик имеет право на получение имущественных налоговых вычетов в суммах, полученных в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, и т. д. , находившихся в собственности налогоплательщика менее трех лет, но не превышающих в целом 1 000 000 руб.

Вместо использования права на получение имущественного налогового вычета, он вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с получением этих доходов.

Если в собственности квартира более 3-х лет - нет. С целях налогообложения мена - это реализация (продажа)