Если я заплачу за покупку квартиры официально по бумагам (см. внутри)

Видимо квартира находилась менее 3-х лет в собственности. Не забудьте на оставшуюся сумму взять у продавца расписку. Да, Вы сможете продать потом свою квартиру по цене, которая реально будет на рынке недвижимости.

сможете, цены меняются, инфляция идет, так что сравнивать никто не будет.

Видимо, сможете. Но и налог заплатите больше, с той суммы, за которую продадите, если сделаете это раньше. чем через три года (может, пять лет, не помню) . Если же по каким-то причинам (мало ли чего случается) договор купли-продажи будет расторгнут, Вам вернут только указанную в документах сумму. И не надейтесь, что получите столько, сколько заплатили на самом деле. Будьте бдительны. Есть люди, которые бизнес на этом делают.
Только что прочла предыдущий ответ. Совет насчет расписки о реальной сумме покупки на самом деле хорош.

Сможете, Но если продавец откажется от сделки и через суд докажет, что квартира имеет скрытый дефет (напр. : квартира очень шумная, за стенкой работает трансформатор, холодильник магазина, над головой летают самолеты и он не может спать и ХЗ ещё, что может придумать продавец-аферист, а вы его не предупредили в договоре) , то суд может расторгнуть сделку купли-продажи и обратно от покупателя вы получите 999тыс руб, за вычетом ваших затрат. Были такие прецеденты.
Как говорится "Жадность фраера сгубила".