Нежилое помещение в собственности 3 года. Какие налоги надо будет платить, если продать его за 2 миллиона рублей?

В соответствии с пунктом 17.1 статьи 217 Налогового кодекса не облагаются налогом на доходы физических лиц доходы, полученные от продажи "...продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, дач, садовых домиков или земельных участков и долей в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более".
Нежилое помещение подпадает под категорию "иное имущество". Для такого имущества вычет, кстати, составляет не 1 млн. руб. , а всего 250 тыс. руб. На эту тему есть соответствующие разъяснения Минфина (например, письмо от 16.02.2009 г. N 03-04-05-01/62).
Но это к слову. Для Вас важно, что срок владения составляет три года. Данный срок считается с даты государственной регистрации права собственности именно как на нежилое помещение.
В цитируемой статье ясно сказано, что для освобождения от налогообложения срок владения должен составлять "три года и более" (а не просто "более 3-х лет").
Так как если Вы владеете своей недвижимостью именно три года, то под освобождение попадаете.
Соответственно, в этом случае никакого налога не будет - облагаемого дохода просто не возникает. Отчитываться по нему, кстати, тоже не надо.

если владеете три года в собственности как физ. лицо, то в соотвествии со ст. 220 НК РФ можете расчитывать на имущественный налоговый вычет на всю сумму.

Если имущество находилось в собственности человека (резидента) три года и более, то при его продаже платить НДФЛ вообще не придется. В этом случае полученный доход налогом не облагается (п. 17.1 ст. 217 НК РФ).