Подскажите пжл. Мой отец был военным нам выдали квартиру ( лет 20 назад) он был назначен Главным квартиросъемщиком

Нюанс состоит в том, что у вас военный городок и на должностях в УК сидят те же, которые и 20 лет назад. И за это время доблестные тетеньки ничего не читали, окромя приказов.
Но для ответа на ваш вопрос необходимо знать правовой статус квартиры. Если жилье выдано как служебное, то прежде чем сниматься папе с регистрационного учета советую решить вопрос с договором соцнайма (зависит от многих вещей, начиная с того, кто является собственником жилья и заканчивая правовым статусом вашего папы) .
Иначе вместо "назначения" вашей мамы квартиросьемщиком вы можете получить постановление суда на выселение.

Дееспособный член семьи нанимателя (никаких главных квартиросъемщиков не существует) с согласия остальных членов семьи и наймодателя (ЖКХ) вправе требовать признания себя нанимателем по ранее заключенному договору социального найма вместо первоначального нанимателя

Прав у главного квартиросъемщика столько же, сколько у остальных. Это как в школе дежурный по классу. Смотрит, чтоб соблюдались права всех, исправно оплачивали квартиру и тд. Зарегистрироваться ваш папа может в течение 6 месяцев, за ним сохраняются права на жилье. А потом - с вашего согласия. Это если квартира неприватизированная. Если приватизированная, так же, как и все может свободно выписываться, прописываться. Что вы так бьетесь за звание СТАРШИЙ НАДЗИРАТЕЛЬ?

глупость, со снятием с рег. учета он утратил парво на жилую площадь и перестал быть нанимателем. Любое совершеннолетнее лицо с согласия остальных совершеннолетних лиц впарве по ЖК РФ требовать произвести замену нанимателя, если откажут. ПИшите сначала заявление с требованием мотивировать отказ и в суд.

Боже мой! Сколько же идиоты будут сидеть на этих должностях?
Отцу всего-навсего достаточно зарегистрироваться по новому месту жительства, а мать может после этого заключить договор найма.

Маме необходимо приватизировать квартиру, а понятия "главный","ответственный" квартиросъёмщик ничего не значит, т. к. все зарегистрированные жильцы наделены равными правами и обязанностями.

Приватизировать всем тем, кто прописан. Понятие "главный квартиросъемщик" не существует, а точнее необходимо только для определения плательщика за квартиру