С какой суммы должны платить НДС при продажи квартиры?

Это не НДС, а НДФЛ- подоходный налог в просторечьи.. . Необлогаемая сумма всего 1 млн. руб, если вы не докажете факт ее приобретения за более высокую цену, например. купили за 5000000, то и продать можно без налога за столько же. А если не докажете документально, то разница между продажей и 1 млн. руб. будет облагаться налогом в размере 13%, который необходимо заплатить в бюджет не позднее 1 июля 2013 года и отчитаться в налоговой. заполнив декларацию 3-НДФЛ до 1 апреля 2013г.
Если продажа за 1 миллион, то ничего не надо платить, но декларацию все-равно подать надо.

будет договор купли-продажи и цена будет браться из договора
подавать налоговую декларацию нужно обязательно

Если рыночная стоимость Вашей квартиры действительно составляет 900 тыс, то оценщики, (обязательно лицензированные-,а не так. с улицы-банк таких не допустит,) оценят Вашу квартиру реально (+- какая-то погрешность) -они что, больные, завышать стоимость в 3 раза-работы лишатся.
В договоре купли- продажи будет все равно указана сумма, которую Вы получаете на руки. Вот на эту сумму и должен начисляться налог. Но Вам его платить не придется, т к сумма меньше 1 млн руб

Квартира в Вашей собственности - менее 3-х лет, продаете Вы её за сумму 900 тысяч рублей (т. е. менее 1 млн) , следовательно - налог Вам платить не нужно, а подать декларацию - нужно (так сказать, отчитаться перед государством: "да, продал, за такую-то сумму"). Оценщиков не бойтесь: раз квартиру будут покупать в ипотеку, оценка - это требование банка. Удачи!

Вы ничего не должны платить с продажи.

Лучше всего продавать квартиру за реальную стоимость и указывать ее, а не 1000000 руб. это опасно.